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以下原因可造成信號(hào)峰分裂：
色譜柱污染
毛塞局部堵塞
無效柱床
注射溶劑效應(yīng)
共洗脫化合物
在注射未經(jīng)過濾的樣品或者樣品溶劑和移動(dòng)相不一致時(shí)，經(jīng)常會(huì)導(dǎo)致色譜柱污染或毛塞局部堵塞。如果是由于樣品溶劑的不匹配，樣品組分可能在色譜柱入口處與移動(dòng)相相混時(shí)，或是與毛塞的金屬質(zhì)表面接觸時(shí)產(chǎn)生沉淀析出。
無效柱床的形成要么是由于流體動(dòng)力學(xué)因素（高流速，移動(dòng)相高粘度）對(duì)于裝填效果不佳的色譜柱帶來的應(yīng)力作用，要么是由于機(jī)械作用力（色譜柱掉落）或者在化學(xué)作用下出現(xiàn)填料溶解（比如，pH>12）。
當(dāng)注入溶劑的洗脫強(qiáng)度高于移動(dòng)相時(shí)，會(huì)出現(xiàn)峰分裂或者峰形變寬。此效應(yīng)在早期出現(xiàn)的洗脫峰上表現(xiàn)得尤其明顯。
峰分裂也可能在任意兩種化合物發(fā)生共洗脫時(shí)出現(xiàn)。如果是這個(gè)原因，使用更高柱效（理論塔板數(shù)）的色譜柱應(yīng)能將峰信號(hào)彼此更好的分開。使用更小尺寸的填料顆粒或者提高柱長應(yīng)該能解決問題。提高工作溫度和/或減小移動(dòng)相粘度也可能促進(jìn)分離效果。
此外，一種化合物可能在兩種狀態(tài)下被洗脫出來，比如，在移動(dòng)相中呈離子對(duì)狀態(tài)的試劑量不足或者移動(dòng)相緩沖能力不夠的話。
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